VfB Stuttgart

Vào ngày 23 tháng 7 năm 2011, Rüdiger đã có trận ra mắt cho VfB Stuttgart II ở giải hạng 3 Đức gặp Arminia Bielefeld.

Vào ngày 29 tháng 1 năm 2012, Rüdiger đã có trận ra mắt Bundesliga cho đội 1 của VfB Stuttgart trong trận đấu chuyên nghiệp trên sân nhà với Borussia Mönchengladbach. Anh đã có lần xuất hiện đầu tiên của mình tại UEFA Europa League vào ngày 4 tháng 10 năm 2012 gặp Molde FK.

Vào ngày 19 tháng 4 năm 2013, Rüdiger gia hạn hợp đồng với VfB Stuttgart cho đến tháng 6 năm 2017. Anh ghi bàn thắng đầu tiên của mình cho Stuttgart vào ngày 01 tháng 9 năm 2013 trong một chiến thắng 6-2 trên sân nhà gặp Hoffenheim.

Roma

Vào ngày 19 tháng 8 năm 2015, AS Roma đã ký kết hợp đồng với Rüdiger với điều khoản cho mượn trị giá 4 triệu Euro từ VfB Stuttgart. Cả hai câu lạc bộ đã đồng ý với điều khoản chuyển nhượng trị giá 9 triệu euro vào hợp đồng cho mượn một năm. Vào ngày 30 tháng 5 năm 2016, Roma chính thức kích hoạt điều khoản mua Rüdiger từ VfB Stuttgart với khoản tiền thưởng 9 triệu Euro kèm theo 0,5 triệu euro tiền thưởng trong hợp đồng 4 năm.

Chelsea

Vào ngày 9 tháng 7 năm 2017, Rüdiger gia nhập Chelsea F.C. từ Roma với giá khởi điểm là 29 triệu bảng trong hợp đồng 5 năm. Anh ấy sẽ được mặc số 2 trên áo của mình.